水利水电学院的前身是1952年建立的水力发电系、水工结构系和水利土壤改良系，1954年，水力发电系和水工结构系合并为河川系，1958年，水利土壤改良系改名为农田水利工程系，1985年，河川系改名水力发电工程系。1995年，学校机构调整，以水力发电工程系、农田水利工程系、水利水电科学研究所等系所为基础组建成立了水利水电工程学院。2009年，根据学科发展趋势学院更名为水利水电学院，学院设有水利水电工程系和农业水利工程系。

　　学院现有教职工143人，其中专职教师115人。专职教师中有中国工程院院士1人，博士生导师24人，教授41人，副教授43人。同时，学院还聘请双聘院士3人，兼职博导6人，兼职教授33人。目前，学院有本科生1400余人、硕士生800多人、博士生200余人、在职工程硕士600多人。

　　学院有“国家千人计划”2人、“长江学者”特聘教授2人，“杰出青年基金获得者”3人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选2人、江苏省“333高层次人才培养工程”突出贡献奖2人，江苏省“333工程”培养对象第一层次1人、第二层次3人、第三层次3人，江苏省“青蓝工程”培养对象3人，霍英东教育基金会高等院校青年教师奖1人。

　　学院现有水利工程和农业工程2个一级博士点学科，拥有二级博士点学科7个、硕士点学科8个和本科专业3个。博士点学科包括水工结构工程、水力学及河流动力学、水利水电工程、水灾害与水安全、水利水电建设工程管理、农业水土工程和农业生物环境与能源工程等，其中，水工结构工程、水力学及河流动力学和水利水电工程均为水利工程国家重点学科中的二级学科；硕士点学科除了上述7个博士点学科以外，还有土壤学学科；学院还招收攻读水利工程领域、农业工程领域工程硕士专业学位研究生；本科专业有水利水电工程、农业水利工程、设施农业科学与工程等。同时，学院还设有水利工程博士后流动站，教育部水利水电工程安全工程研究中心、南方地区高效灌排与农业水土环境教育部重点实验室以及南京市土工合成材料工程技术研究中心均挂靠我院。本学院也是水文水资源与水利工程国家重点实验室和水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心的主要建设学院。

　　学院已为国家培养了1万多名毕业生，其中有中国科学院、中国工程院院士8人，还有10多人担任了省、部级领导干部，更多的人已成为生产、科研和教学第一线的业务骨干，他们在自己的工作岗位上为我国水利水电建设和管理事业做出了重大的贡献。经过数十年的建设与发展，学院的水利水电工程专业和农业水利工程专业已成为国内颇具影响的品牌专业。学院国际合作交流成效显著，为亚、非地区的发展中国家培养了大批的留学生。同时，长期聘用外籍老师，经常举办国际和国内学术会议。

　　近年来，学院发挥综合优势，先后承接了三峡、向家坝、龙滩、二滩、锦屏、拉西瓦、溪洛渡、白鹤滩、小湾、小浪底、水布垭、双江口、两河口、南水北调等遍及全国各地的重大水利水电工程的科研项目，研究经费超3亿元，取得了大量成果，发表论文2000余篇，出版教材、专著80余部。先后获得国家科技进步特等奖、二等奖、三等奖和省部级科技进步奖等70余项。